Поселение на месте нынешнего города известно с середины XIV века, в документах XIV-XV веков упоминается под названием Великая слобода, с начала XVI века -Новое село Александровское и Александрова (Александровская) слобода. В духовной грамоте Ивана III Новое село Александровское было завещано его сыну Василию, будущему великому князю Василию III. При сыне Василия III, Иване Грозном, с 1564 до 1581 года слобода являлась главным политическим и культурным центром Московского государства. Слобода превратилась в фактическую столицу государства, здесь была учреждена опричнина, в слободе функционировали опричные приказы, опричная Боярская дума и ряд других учреждений. Отсюда был совершён поход на вольный Великий Новгород. Александровский Кремль стал едва ли не главным местом международных переговоров и подписания соглашений. Сюда прибывали послы и посольства Англии, Швеции, Крыма, Великого княжества Литовского (затем Речи Посполитой), Дании, папского престола и иных государств. С 1568 года в слободе располагалась царская книгописная палата и печатный двор. В ноябре 1581 года в Александровской слободе погиб царевич Иван. После смерти сына царь покинул слободу навсегда. В 1689 году в окрестностях слободы, на Немецких горах, Пётр I проводил учения со своим «потешным полком». С 1729 по 1741 годы в стенах монастыря находилась Елизавета Петровна, сосланная сюда императрицей Анной Иоанновной.